Σχεδιασµένα στα πρότυπα των πιο σύγχρονων και αυστηρών διεθνών προδιαγραφών, τα χειρουργεία είναι διαµορφωµένα µε τέτοιο τρόπο ώστε να ελαχιστοποιείται ο κίνδυνος ανάπτυξης µικροβίων. Εξοπλισµένα µε µηχανήµατα υψηλής τεχνολογίας, άρτια εκπαιδευµένο νοσηλευτικό προσωπικό και διακεκριµένους χειρουργούς όλων των ειδικοτήτων. Στα χειρουργεία του Ιπποκρατείου Ιδρύματος Αγρινίου µπορεί να αντιµετωπιστεί όλη η γκάµα της γενικής χειρουργικής.
Επίσης έχει αναπτυχθεί τµήµα λαπαροσκοπικής χειρουργικής από εξειδικευµένους χειρουργούς, στο αντικείµενο της «προχωρηµένης» λαπαροσκοπικής χειρουργικής.
Ακόµα υπάρχει τµήµα «one day clinic» χειρουργικής, στο οποίο ο ασθενής αφού πραγµατοποιήσει τον απαραίτητο προεγχειρητικό έλεγχο, χειρουργείται αυθηµερόν και την επόµενη µέρα παίρνει εξιτήριο (κήλες, αιµορροϊδες, βιοψίες, κ.λ.π. ) Η Χειρουργική Κλινική είναι στελεχωμένη με εξειδικευμένο ιατρικό και νοσηλευτικό προσωπικό και διαθέτει 2 αίθουσες χειρουργείων όπου πραγματοποιούνται καθημερινά περιστατικά από όλο το φάσμα της χειρουργικής τόσο της κλασσικής όσο και της λαπαροσκοπικής .Στη Χειρουργική Κλινική πραγματοποιούνται επεμβάσεις όπως:

– σκωληκοειδεκτομή
– χολοκυστεκτομή (ανοιχτή και λαπαροσκοπική )
– αποκατάσταση κήλης ( βουβωνοκήλη, οσχεοκήλη, ομφαλοκήλη, επιγαστρική, κοιλιοκήλη, υδροκήλη κτλ )
– θυροειδεκτομή
– αφαίρεση τριχοκυστικού συριγγίου
– διαστολή ραγάδας πρωκτού
– αιμορροιδεκτομή
– σαφηνεκτομή
– αφαίρεση σπίλου , μελανώματος
– αφαίρεση σμηγματογόνου κύστης
– αφαίρεση λιπώματος
– διάνοιξη αποστήματος
– ονυχεκτομή
– συρραφή θλαστικού τραύματος κτλ-λήψη βιοψίας